Theo đó, cơ quan chủ trì soạn thảo luật nhận định việc xóa bỏ Cơ quan điều tra VKSND Tối cao là cần thiết nhằm luật hóa những thay đổi thực tiễn đã vượt qua quy định hiện hành. Điển hình là việc Bộ Công an đã tiến hành sắp xếp lại tổ chức, bỏ cấp công an huyện theo chủ trương của Bộ Chính trị. Từ đó, chức năng điều tra ở cấp huyện đã được chuyển giao cho cơ quan điều tra công an cấp tỉnh.
Liên quan đến các tội phạm xâm phạm hoạt động tư pháp – vốn thuộc thẩm quyền của Cơ quan điều tra Viện KSND Tối cao – dự thảo quy định sẽ do Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đảm nhiệm.
Về hệ thống điều tra trong Công an Nhân dân, dự thảo giữ nguyên hai trục chính là Cơ quan An ninh điều tra và Cơ quan Cảnh sát điều tra. Tuy nhiên, Bộ Công an đề xuất không quy định chi tiết tổ chức bộ máy các cấp trong luật nữa. Lý do là sau quá trình tinh gọn bộ máy theo các nghị quyết Trung ương, mô hình tổ chức thực tế đã thay đổi đáng kể so với quy định hiện hành.
Đối với cơ quan điều tra trong Quân đội Nhân dân, dự thảo tiếp tục duy trì hai hệ thống: Cơ quan An ninh điều tra (cấp Bộ Quốc phòng và quân khu ) và Cơ quan Điều tra hình sự (ba cấp: Bộ Quốc phòng, quân khu, khu vực). Tuy nhiên, có điểm mới là bổ sung cơ chế để Chính phủ chủ động trình Ủy ban Thường vụ Quốc hội quyết định việc thành lập hoặc giải thể các cơ quan điều tra cấp quân khu, khu vực – không cần sửa luật tại Quốc hội như hiện nay.
Ngoài ra, dự thảo luật cũng hoàn thiện các quy định về thẩm quyền của Thủ trưởng, Phó Thủ trưởng cơ quan điều tra và các ngạch điều tra viên nhằm tăng tính linh hoạt trong tổ chức, chỉ đạo hoạt động điều tra, đồng thời bảo đảm phù hợp với mô hình tổ chức mới.
Dự án Luật Tổ chức cơ quan điều tra hình sự (sửa đổi) hiện đang trong giai đoạn thẩm định và dự kiến sẽ được trình Quốc hội tại kỳ họp thứ 9, khai mạc vào đầu tháng 5 tới.